Pada tanggal 1 Oktober 1945 kewenangan Departemen Kehakiman diperluas yakni Kejaksaan berdasarkan Maklumat Pemerintah tahun 1945 tanggal 1 0ktober 1945 dan Jawatan Topograpi berdasarkan Penetapan pemerintah tahun 1945 Nomor 1/S.D. Jawatan Topograpi kemudian dikeluarkan dari Departemen Kehakiman dan masuk ke Departemen Pertahanan berdasarkan Penetapan Pemerintah tahun 1946 nomor 8/S.D.
Ketika Departemen Agama dibentuk pada tanggal 3 Januari 1946, Mahkamah Islam Tinggi dikeluarkan dari Departemen Kehakiman Republik Indonesia dan masuk ke Departemen Agama Republik Indonesia berdasarkan penetapan pemerintah tahun 1946 Nomor 5/S.D.
Pada 22 Juli 1960, rapat kabinet memutuskan bahwa kejaksaan menjadi departemen dan keputusan tersebut dituangkan dalam Keputusan Presiden RI Nomor 204/1960 tertanggal 1 Agustus 1960 yang berlaku sejak 22 Juli 1960. Sejak itu pula, Kejaksaan RI dipisahkan dari Departemen Kehakiman. Pemisahan tersebut dilatarbelakangi rencana kejaksaan mengusut kasus yang melibatkan Menteri Kehakiman pada saat itu.
