Pengalihan Peradilan Umum dan Peradilan Tata Usaha Negara dari Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia ke Mahkamah Agung berawal dari Undang-Undang No 35 Tahun 1999 tentang Ketentuan-ketentuan Pokok Kekuasaan Kehakiman yang kemudian dijabarkan dalam Undang-Undang No. 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman dan Undang-Undang No. 5 Tahun 2004 tentang Perubahan atas Undang-Undang No. 14 Tahun 1985 tentang Mahkamah Agung. Pada tanggal 23 Maret 2004 Presiden Megawati mengeluarkan Keputusan Presiden RI No. 21 Tahun 2004 tentang pengalihan organisasi, administrasi dan finansial dan lingkungan Peradilan Umum dan Tata Usaha Negara, Pengadilan Agama ke Mahkamah Agung yang kemudian ditindaklanjuti dengan serah terima Pengalihan organisasi, administrasi dan finansial di lingkungan Peradilan Umum dan Peradilan Tata Usaha Negara ke Mahkamah Agung pada tanggal 31 Maret 2004.
Nama Departemen Kehakiman telah beberapa kali berubah nama karena disesuaikan dengan fungsi dari Departemen tersebut yaitu dari Departemen Kehakiman menjadi Departemen Hukum dan Perundang Undangan dan sekarang menjadi Kementerian Hukum Dan Hak Asasi Manusia.
Kantor wilayah (kanwil) Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia merupakan instansi vertikal Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia yang berkedudukan di setiap provinsi, yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia. Kanwil terdiri atas beberapa divisi serta sejumlah Unit Pelaksana Teknis (UPT), termasuk Kantor Imigrasi, Lembaga Pemasyarakatan (Lapas), Lapas Terbuka • Lapas Narkotika, Rumah Tahanan Negara (Rutan), Cabang Rutan, Rumah Penyimpanan Benda Sitaan Negara (Rupbasan), Balai Pemasyarakatan (Bapas), Balai Harta Peninggalan (BHP), serta Rumah Detensi Imigrasi (Rudenim).
